由于微波殺菌設備是通過熱效應和非熱效應相結合來達到對食品的殺菌處理，因此可利用微波高頻的電磁波直接穿透到作用在食品上，從而將食品內的分了結構及蛋白質破壞，讓微波生物及死亡。微波殺菌設備的特點則是：
1.微波殺菌均勻：因為微波具有穿透作用，所以對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，讓其加熱殺菌更均勻。
2.微波殺菌機節能，效果好：微波是直接對食品進行作用處理，不存在額外的熱能損耗，一般節電30-50％。
3.設備殺菌工藝先進、簡單：不需要鍋爐、復雜的管道系統、煤場和運輸車輛等，只要具備水、電基本條件即可。
