時間短、速度快，節約能源是微波殺菌設備亮眼的地方，常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波殺菌設備是直接對食品進行作用，所以沒有額外的熱能耗損。相比而言，一般可以節電30%-50%。均勻，常規的熱力殺菌是從物料表面開始，然而通過熱傳導至內部，存在內外的溫差。為了保持食品的風味，縮短處理時間；往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波殺菌設備肯有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部同時受到作用，所以殺菌更均勻。