微波干燥設備與傳統干燥設備不同，它是作為一個整體被加熱，而且它的傳熱和散熱目的相同。不過微波干燥設備也會面對一些故障問題。
1.物料的干燥和潤濕不均勻。原因可能是微波干燥設備使用不當或設備上物料受低溫影響導致結塊導致。對前者，應加強對操作人員的技術培訓，加強對操作技術的掌握；如果是后者，需要將干燥物料破碎并干燥。
2.微波干燥設備的物料著火。原因可能是物料不能被吸收，造成干燥機著火；也可能是設備太小，無法達到干燥效果，被迫加熱，導致起火，所以它的使用方法要保證正確。
3.微波干燥設備“爆炸”。原因可能是干燥設備溫度過高，使設備著火，也可能是設備堵塞，引起“爆炸”。