微波殺菌設備是通過的熱效應和非熱效應結合起來達到對食物殺菌的處理，熱效應主要是通過微波加熱的方法以達到的溫度起到殺菌的效果，而非熱效應我們也稱之為生物效應，主要就是利用微波高頻的電磁波穿透作用在食品上，從而破壞食品內的分子結構以及蛋白質，讓微波生物和死亡。
    微波殺菌設備和常規的熱力殺菌相比較，微波殺菌設備能在很低的溫度和較短的時間內獲得所要的殺菌效果，才能保證食品殺菌后可以保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味。微波殺菌設備主要是用于：調味品、包裝熟食、粉體營養品、農產品等產品的烘干、殺菌、加熱、熟化、烘焙等進行加工處理，同時還可以用于對木材產品、紙制品、化工產品、橡膠制品、藥材制品等類別產品進行快速的干燥和殺蟲處理。